In seguito agli eventi del film precedente, Saber è considerata morta, e ciò a tutti gli effetti squalifica Shirou dalla Guerra del Santo Graal. Nonostante ciò, il ragazzo è deciso a continuare a combattere, e va a casa di Rin per trovare insieme un piano d’azione. Ritornato a casa, Shirou scopre che Sakura è stata rapita da Shinji, e lo affronta insieme a Rin. Sakura implora tutti di fermarsi, e Rider risponde al suo grido di aiuto, rivelando che è Sakura la sua vera Master.