continua la lotta serrata dell’umanita’, rappresentata dai membri dell’agenzia speciale nerv, alle misteriose creature chiamate “angeli”. a occuparsi del risveglio del terzo angelo e’ mari, pilota assegnato all’unita’ provvisoria evangelion 05. asuka, invece, s’impegna a eliminare il settimo angelo a bordo del suo eva-02. dopo avere sconfitto l’ottavo angelo, il nono angelo e’ un nemico piu’ infido, capace di insinuarsi nella nuovissima unita’ evangelion 03 e impossessarsi del pilota assegnato al collaudo, ossia asuka. ha inizio il third impact.