Un villaggio in riva al mare. Sosuke, un bimbo di cinque anni, vive in cima a una scogliera affacciata su Inland Sea. Una mattina, giocando sulla spiaggia, trova Ponyo, una pesciolina rossa con la testa incastrata in un barattolo di marmellata. Ponyo e’ affascinata da Sosuke e il bimo prova lo stesso verso la pesciolina. Ma il padre di Ponyo, Fujimoto, una volta umano e ora stregone che abita i fondali marini, la obbliga a tornare con lui nell’oceano. Ma Ponyo vuole diventare umana e prima di fuggire versa nell’oceano l’Acqua della Vita. Questa scatena delle altissime onde a forma di pesce che travolgono il villaggio di Sosuke.